Berpaksi meneruskan agenda pembangunan pendidikan bagi rakyat Malaysia, Sektor Sekolah Berasrama Penuh (sekarang dikenali sebagai Bahagian Pengurusan Sekolah Berasrama Penuh dan Sekolah Kluster) perlu menambahkan bilangan sekolah-sekolah berasrama penuh yang ketika itu berjumlah 54 buah. Bertitik tolak daripada hasrat tersebut Kementerian Pelajaran Malaysia dengan mengadakan perbincangan dengan Kerajaan Negeri Kedah untuk mendapatkan sebidang tanah bagi merealisasikan hasrat tersebut. Lanjutan daripada perbincangan yang dijalankan, akhirnya Kerajaan Negeri Kedah telah mengenalpasti satu lokasi yang strategik untuk membangunkan sebuah sekolah berasrama penuh. Bermula pada tahun 2007, sebidang tanah di Batu 19 Jalan Kodiang telah ditukarkan statusnya daripada tanah pertanian kepada pembinaan institusi pendidikan. Setelah selesai proses pengambilalihan tanah, kerja-kerja seterusnya giat dijalankan. Projek pembinaan ini telah dijalankan oleh Barad Holdings Sdn Bhd, sebuah syarikat pembinaan yang beribu pejabat di Kuala Lumpur. Akhirnya pada tanggal 11 Mac 2009, projek berkenaan telah disiapkan dan telah diserahkan kepada Kementerian Pelajaran. Pada hari tersebut, telah diadakan majlis penyerahan rasmi bertempat di Dewan Besar (sekarang dikenali sebagai Dewan Bitara). Tuan Haji Mohd Jaafar bin Mohd Ramli, Penolong Kanan Pentadbiran Sekolah Menengah Sultan Abdul Halim (SMSAH) telah diberi kepercayaan mentadbir sekolah ini. Pada tanggal 1 April 2009, sekumpulan guru telah dihantar sebagai kumpulan perintis untuk merealisasikan pengoperasian sekolah ini. Akhirnya setelah beberapa kali ditangguhkan, maka pada 12 Mei 2009, kumpulan pertama pelajar telah mendaftar. Bermula dari tarikh tersebut, episod proses kemenjadian murid melangkah terus ke hadapan di atas bahu seluruh warga SEKOLAH MENENGAH SAINS KUBANG PASU.
Tuan Haji Mohamad Zainol Abidin bin Adam, Pensyarah Kanan di Sekolah Pengurusan Universiti Utara Malaysia telah sudi menyumbang sebanyak lima set kipas berdiri. Sumbangan tersebut telah disampaikan kepada Puan Hajah Rafeah binti Hashim, Penolong Kanan Pentadbiran Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu. Sumbangan tersebut bertujuan untuk memberi keselesaan kepada calon-calon SPM menduduki peperiksaan di Dewan Bitara. Beliau merupakan waris kepada Saudari Shahirah binti Mohamad Zainol Abidin, pelajar tingkatan lima juara. 
